Sekembalinya ke Indonesia, bersama dengan rakan-rakannya, dia membentuk Kumpulan Mahaka.[5]

Pada 2001, Kumpulan Mahaka membeli Republika, akhbar Islamik terbesar di Indonesia. Kerana latar belakang Thohir dalam komunikasi, beliau dipilih untuk memimpin majalah tersebut.[5] Beliau mendapat sokongan dari ayahnya, juga pengasas Kompas Jakob Oetama dan pengasas Jawa Pos Dahlan Iskan[5] untuk menjalankan akhbar ini. Kumpulan Mahaka menyebarkan potensinya dengan melabur dalam syarikat pengiklanan luar Mahaka Advertising kerana pertumbuhan ekonomi dan saiz bandar pada 2002.[5]

Setelah melancarkan stesen televisyen Jak TV, Mahaka memperkenalkan stesen radio 98.7 Gen FM dan 101 Jak FM, dan turut serta dalam PT Radionet Cipta Karya (Prambors FM, Delta FM dan FeMale Radio), serta banyak iklan, tiket, hiburan dan digital syarikat.[5]

Thohir adalah pengasas Yayasan Darma Bakti Mahaka.

Pada 2011, bersama Anindya Bakrie, beliau menjadi pemilik stesen televisyen tvOne, dan juga laman berita internet Viva News. Pada 2014, beliau terlibat dalam projek pemulihan dan menjadi Ketua Pengarah antv.[8]

Pada 2018, Presiden semasa Joko Widodo memilih Thohir sebagai ketua kempen pemilihan semula untuk pilihan raya Presiden 2019.[11]

Pada 2019, antara 10 individu lain Thohir dilantik ke Jawatankuasa Olimpik Antarabangsa.[12]